Luego de un análisis operacional y de costos realizado por la aerolínea y buscando las mejores alternativas para nuestros pasajeros y, en base al decreto N968 suscrito por el Señor Presidente de la República, Ec. Rafael Correa, el 16 de diciembre de 2011 respecto a la eliminación del subsidio de combustible para todos los vuelos excepto los que se efectúen en los aeropuertos administrados por la DGAC, exceptuando Galápagos, AeroGal decidió aplicar un sobrecargo de combustible a los pasajes. Los valores del sobrecargo para volar desde el 1 de enero de 2012 son:
| Ruta | Sobrecargo de combustible
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| Quito-Guayaquil
Guayaquil – Quito Quito-Cuenca Cuenca – Quito Guayaquil-Cuenca Cuenca -Guayaquil
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USD 11.00 por vía |
| Manta- Quito
Quito -Manta Quito-Lago Agrio Lago Agrio-Quito Quito- El Coca El Coca – Quito
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USD 6.00 por vía |
| Quito-Guayaquil-Baltra
Baltra-Guayaquil-Quito Quito-Guayaquil- S. Cristóbal S. Cristóbal-Guayaquil-Quito |
USD 50.00 por vía |

